深圳企业社保停缴 3 个月以上后，恢复缴费的流程如下：

补缴社保：首先，企业需要补缴停缴期间的社保费用。补缴金额包括企业部分和个人部分。需要注意的是，补缴金额可能会根据相关政策发生变化，请及时了解最新政策规定。

提交补缴申请：企业需携带以下材料向社保局提交补缴申请：

营业执照副本；

组织机构代码证；

税务登记证；

社保登记证；

银行账户信息；

补缴社保费的相关财务凭证；

等等（具体所需材料可能因地区和社保局要求而有所不同，请事先向当地社保局咨询）。

审核补缴申请：社保局收到补缴申请后，会对企业提交的材料进行审核。审核通过后，企业需按照社保局的要求补缴社保费用。

恢复社保缴纳：补缴完成后，企业的社保缴纳记录将会更新。从次月起，企业需按时缴纳当月社保费用，以确保员工社保待遇的正常享受。

注意事项：

恢复社保缴纳后，企业要及时关注员工社保状态，确保社保费用按时缴纳；

企业应在补缴社保费用前，了解当地社保政策，确保补缴金额的准确性；

企业如需解除或终止与员工的社保关系，应提前办理相关手续，避免产生社保纠纷。

总之，企业在社保停缴 3 个月以上后，需按照上述流程恢复社保缴纳。在恢复缴纳过程中，企业应积极与社保局沟通，了解政策要求和补缴金额，确保顺利完成恢复手续。