培养方向不同:生物工程:本专业培养德智体美全面发展，适应市场经济体制和改革开放需要，掌握现代生物工程技术及其产业化科学原理、工艺过程和工程设计等基本理论，基本技能，能在保健品、制药等领域从事生产、产品技术研究开发、质量检测和企业管理的高级应用型技术人才。
制药工程:本专业培养具备制药工程方面的知识，能在医药、农药、精细化工：和生物化工等部门从事医药产品的生产、科技开发、应用研究和经营管理等方面的高级工程技术人才。
就业方向不同:生物工程:本专业学生毕业后可适宜于医药、食品、环保、商检等部门中生物产品的技术开发、工程设计、生产管理及产品性能检测分析等工作及教学部门的研究与教学工作。
制药工程:本专业学生毕业后可从事医药产品的生产、科技开发、应用研究和经营管理等方面工作。
生物工程可以转的专业较多，推荐如下：
1.临床医学专业：培养能在医疗卫生单位、医学科研等部门从事医疗及预防、医学科研等方面工作的医学高级专门人才，毕业后可以在医疗卫生机构从事临床各科的医疗、预防工作及医学教学和研究工作；
2.计算机科学与技术专业：主要学习计算机科学与技术方面的基本理论和基本知识，接受从事研究与应用计算机的基本训练，毕业后在科研部门、企业、技术和行政管理部门等单位从事计算机科学研究；
3.机械设计制造专业：研究各种工业机械装备从设计、制造、运行控制到生产过程的综合技术，毕业后能在工业生产第一线从事机械制造领域内的设计制造、科技开发、运行管理和经营销售等方面工作。
生物工程跨专业考研，本科专业差距较大，考生考试较为吃力，2018级国家研究生考试报名条件具体如下：
1.中华人民共和国公民；
2.拥护中国共产党的领导，愿为社会主义现代化建设服务，品德良好，遵纪守法；
3.获得国家承认的高职高专毕业学历后，经2年或2年以上，达到与大学本科毕业生同等学历，且符合招生单位根据本单位的培养目标对考生提出的具体业务要求的人员；
4.国家承认学历的本科结业生和成人高校应届本科毕业生，按本科毕业生同等学力身份报考；
5.已获硕士学位或博士学位的人员，在校研究生报考需在报名前征得所在培养单位同意；
6.身体健康状况符合国家和招生单位规定的体检要求。