1.内容的差别，论文是科学研究成果或创新见解和知识的科学记录，或是科学总结，或在学术刊物上发表，或作其他用途的书面文件，对论文所要表达的内容并无太多限制，只要是新的研究成果即可，包括纯理论的，如数学公式、科学发现等。
论文带给作者的很多时候只是荣誉以及著作权。
发表写作难度较大、成本较高。
专利明显不同，专利可保护的内容有限制，例如数学公式、科学发现、外科手术方法、克隆技术等可以用论文形式发表的，但不能用专利来保护；
2.法律意义上的差别，专利实际上是专利权的简称，它是国家或地区给与专利权人的一种排他权，除非专利权人允许，他人不得实施同样的专利技术，法律强制性很强，但是论文则完全没有这种法律约束；
3.背景技术介绍不同，科研论文第一步部分和发明专利申请书很类似，也是介绍前人的研究工作及不足之处。
不同之处在于科研论文必须引用和列出相应的参考文献，而发明专利申请则可以不列参考文献；
4.技术效果不同，不同之处在于说明发明的技术效果时所用语言较少，也不需要基于严格的逻辑推理。
而论文的结论部分则是基于对实验数据的分析和推理，可靠性高。
5.授权周期不同，发明专利从申请到授权的周期一般为两年，科研论文的发表周期一般在一年之内。
M表示专著，C表示论文集，N表示报纸文章，J表示期刊文章，D表示学位论文， R表示报告，S表示标准，P表示专利，A表示文章，对于不属于上述的文献类型，采用字母“Z”标识。
常用的电子文献及载体类型标识：DB表示联机网上数据，DB表示磁带数据库，CD表示光盘图书，DK表示磁盘软件。
对文科、管理类论文，参考文献数量不少于15篇。
外文文献的数量由各专业根据具体情况确定。
在论文正文中必须有参考文献的编号，参考文献的序号应按在正文中出现的顺序排列。
引用网上参考文献时，应注明该文献的准确网页地址，网上参考文献不包含在上述规定的文献数量之内。
有条件的专业，可以把与撰写论文内容最直接相关的外文文献译成中文，不少于1000汉字，并将其编入附录。
1.6 致谢对导师和给予指导或协助完成论文工作的组织和个人表示自己的谢意，这不仅是一种礼貌，也是对他人劳动的尊重，是治学者应有的思想作风。
致谢内容应简洁明了、实事求是，避免俗套。
1.7 附录有些不宜放在正文中，但有参考价值的内容（如外文文献复印件及中文译文、公式的推导、程序流程图、图纸、数据表格等）可编入论文的附录中。
<