合作医疗第二年不会清空。
合作医疗是一种医疗保险制度，旨在为参保人提供基本医疗保障。
根据合作医疗的规定，参保人每年需要支付一定的个人缴费，以及享受一定的医疗保障。
这意味着，每年的个人缴费都会积累到个人账户中，而不会在第二年清空。
个人账户中的资金可以用于支付医疗费用，包括门诊、住院、手术等。
如果参保人在某一年没有使用完个人账户中的资金，剩余的金额将会继续保留在个人账户中，可以在以后的年份继续使用。
这种设计的目的是为了鼓励参保人积累个人账户中的资金，以备不时之需。
同时，也能够更好地保障参保人的医疗需求，避免因为个人账户清空而导致医疗费用无法支付的情况发生。
因此，合作医疗第二年不会清空个人账户中的资金，参保人可以继续使用个人账户中的资金来支付医疗费用。
这样的设计可以更好地保障参保人的医疗需求，并提供更加可靠的医疗保障。
本乡住院，直接在乡卫生院出院时核报，150元为起付线，线内自付，超过起付后按75%核报；
县级医院就诊，应办好转院手续，在出院时直接在医院核报，350元为起付线，起付线内自付；
在县以上或县外医院经县农医局批准的住院治疗，700元为起付线，起付线上按40%核报。
1 合作医疗类型包括城镇居民基本医疗保险（简称城乡居民医保）、职工基本医疗保险（简称职工医保）、新型农村合作医疗（简称新农合）等。
2 城乡居民医保是针对城镇和农村非户籍居民或未参加职工医保的自愿参加的一种保障方式，由居民缴纳一定的保费，享受基本医疗保障；职工医保是由职工本人和单位共同缴纳保费，享有基本医疗保障；新农合是农村居民自愿参加的一种保障方式，由村集体和居民共同缴纳保费，享有基本医疗保障。
3 除了以上三种合作医疗类型，还有一些地方政府在现有基础上探索出了适合本地实际情况的特色医保形式，如北京的北京市居民基本医疗保险等。