改变全球的气候。
最直接的影响表现在太平洋和北印度洋季风区：由于厄尔尼诺使得太平洋东部的冷水变成暖水，使得太平洋偏东信风强度减弱，使得原本堆积在太平洋西部的暖水向东流动，使得西部表层海水厚度和暖水层厚度都有很明显的降低，这会使得流经在暖水层上的西南和东南季风强度减弱，使得南亚季风区出现明显的干旱，而东亚季风区由于东南季风变弱，使得北方地区无法受到东南季风的影响而出现夏旱，而南方长江流域，因为东南季风长期徘徊在这使得该地出现洪涝。
1.暖冬。
冬季风的强弱是导致我国冬季冷暖的直接原因。
研究表明，厄尔尼诺发生年的冬季，东亚极锋锋区位置往往较常年偏北，冷空气活动也偏北、偏弱，而南方暖气团势力相对较强。
2.干旱和洪涝。
研究表明，西太平洋副高对厄尔尼诺的响应要落后几个月，因而往往厄尔尼诺发生第二年这种相关关系更加显著一些。
从而使长江中下游地区多雨以至发生洪涝，黄河及华北一带少雨并形成干旱。
3.东北冷夏。
水稻秧苗受低温冷害影响统计表明，在厄尔尼诺年的夏季，我国东北地区冷空气活动势力往往加强，导至我国东北夏季气温异常偏低，形成低温冷害，造成粮食减产。
4.热带风暴减少。
西北太平洋和南海是全球热带水域上生成热带气旋最多、发展最强的地区，我国也是受热带气旋影响最大的国家之一。
热带风暴伴随着狂风暴雨常常给我国东南沿海地区造成严重灾害，给人们的生命财产造成重大损失，但是在我国南方伏旱季节，它又是南方降水的重要来源。
厄尔尼诺现象对秘鲁鱼群有以下几方面影响:秘鲁寒流通过秘鲁渔场，因而该渔场主要以冷水性鱼类为主；
1.厄尔尼诺能使海水急剧升温，洋面平均温度骤升约35摄氏度，冷水性鱼类因不能适应这种环境而大量死亡，致使鱼群数量锐减；
2.厄尔尼诺现象致使水中含氧量减少，因氧在水中的溶解度与温度成反比；
3.厄尔尼诺现象招致海水温度升高，水中氧的含量降低，鱼类因缺氧而死亡；秘鲁渔场位于东南信风带，在东南信风和近岸海域的离岸风作用下，盛行涌升流,鱼类食物丰富；
4.厄尔尼诺现象的爆发，会导致东南信风减弱，使该渔场涌升流削弱，鱼类食物减少，鱼类数量因而减少；
5.综合以上分析，厄尔尼诺现象将影响鱼类生存环境，致使鱼类数量减少，最终导致捕鱼量的减少。