1.大量的视频制作和题目整理消耗大量时间。
在实际教学中，教师除了承担正常的教学任务，还需要做翻转课堂前期准备，包括录制和上传视频、把能够增强主题的活动引入课堂中以及激发学生的课堂参与等，这些都需要教师投入大量额外的时间和精力，严重挤压教师从事翻转课堂研究的时间；
现存评价体系只能靠教师的教学经验去对课堂的教学效果进行评价。
对经验缺乏的年轻教师来说，如何把握好一节课，如何高效地引导学生，是一个亟待解决的问题；
3.教学软件程序缺乏人性化。
目前翻转课堂利用的软件设备在程序的设置上脱离使用者，软件程序过于繁杂，老师和学生操作起来不习惯，从而影响教学进度，使教学效果大打折扣；
4.学生的自律性问题。
翻转课堂对于学生的自律性和意志力的要求很高，学生可能存在由于基础差而学不下、学习方向不明确、学习方法不当、学习效率低等方面的问题。
翻转课堂翻转的是教学结构。
所谓“翻转课堂”，是指把“老师白天在教室上课，学生晚上回家做作业”的教学结构翻转过来，构建“学生白天在教室完成知识吸收与掌握的知识内化过程，晚上回家学习新知识”的教学结构，形成让学生在课堂上完成知识吸收与掌握的内化过程、在课堂外完成知识学习的新型课堂教学结构。
翻转课堂缺点：
1.学生用手机观看视频，课下用微信进行交流，条件是中学生人手一部手机，不免有孩子用手机打游戏。
2.教师讲课，不是面对一帮鲜活的学生，是机器，没有课堂的激情，没有情感态度价值。
3.课前看视频，课上做作业，时间不足，学生课表上的课程几乎都是作业课，学生会感到乏味。
4.需要教师有很充分的知识储备和课堂把控能力，对教师个人的能力要求非常高。