两者分别属于不同公司，运营模式有所不同，应用环境也有区别：微信是腾讯公司推出的一款快速发送文字和照片、支持多人语音对讲的手机聊天软件。
用户可以通过微信与好友进行形式上更加丰富的类似于短信、彩信等方式的联系；飞信是中国移动推出的“综合通信服务”，即融合语音、短信等多种通信方式，覆盖三种不同形态的客户通信需求，实现互联网和移动网间的无缝通信服务。
资费：微信软件本身完全免费，使用任何功能都不会收取费用，使用微信时产生的上网流量费用由网络运营商收取；飞信可以免费给手机发短信，不受任何限制，能够随时随地与好友开始语音聊天，并享受超低语音聊天资费。
飞信发的消息在对方飞信客户端或者手机短信中收到，QQ只能在QQ客户端收到。
飞信注册使用中国移动的手机号码，功能比较全，其他如电信、联通的号码注册后功能没有移动的多，QQ则只需要通过手机号码就可以注册，与运营商无关。
都是一个手机号只能注册一个账号。
飞信需要对方同意加为好友才能免费发短信，而QQ可以是陌生人的状态给对方发消息。
如果在国外有无线网络，登录飞信客户端，可以将短信发送到对方的手机上及时接收。
而QQ如果没有登录，消息虽然可以发送，但是对方不一定能第一时间看到。
飞信在以下情况下会产生流量：
1.接收和发送短信会消耗较多流量；如果好友如不在线，信息将以短信的形式自动转发到对方手机上。
2.多人通话会消耗较多流量；多人通话可以不受限制，随时与好友语聊。
3.长时间待机会消耗少量流量；处于待机状态可以第一时间接收到好友的信息。