微生物菌剂，是由微生物经过工业化生产扩繁后，利用多孔的物质作为吸附剂，吸附菌体的发酵液加工制成的活菌制剂。
微生物菌剂用于拌种或蘸根，具有直接或间接改良土壤、恢复地力、预防土传病害、维持根际微生物区系平衡和降解有毒害物质等作用。
农用微生物菌剂恰当使用可以提高农产品产量、改善农产品品质、减少化肥用量、降低成本、改良土壤、保护生态环境。
按内含的微生物种类或功能特性可分为根瘤菌菌剂、固氮菌菌剂、解磷类微生物菌剂、硅酸盐微生物菌剂、光合细菌菌剂、有机物料腐熟剂、促生菌剂、菌根菌剂、生物修复菌剂等。
微生物可以进行有氧呼吸或者无氧呼吸，微生物的无氧呼吸也可称为发酵，可具体分为酒精发酵或乳酸发酵两种。
微生物分解作用是微生物将有机物逐步降解，最终生成无机物返回无机环境的过程，包括细胞外分解和细胞内分解，即微生物分泌酶到细胞外，将细胞外的大分子有机物分解成小分子有机物，然后再吸收进入细胞。
原生动物等通过内吞作用把大分子有机物吞入细胞内，然后在酶的催化下分解成小分子有机物和细胞呼吸。
1.提高产量，实践证明，微生物菌剂特定的肥料效应不仅为农作物提供营养元素，其有效菌还能分泌赤霉素、细胞分裂素、生长素等活性物质，刺激、调节、促进作物的生长发育，有利于农作物增产。
2.改善品质，微生物菌剂能有效地改善农产品品质。
实践证明，施用微生物肥料收获的农产品，蛋白质、糖分、维生素、氨基酸等有益成份含量明显提高。
3.增强作物的抗逆性能，大多微生物菌剂中的有效菌，具有分泌抗生素类物质和多种活性酶的功能，能抑制或杀死致病菌，降低病害发生及增强作物的抗逆性。
4.提高化肥利用率，微生物菌剂有效菌大多能分解土壤中有机质，有机质分解过程中生成腐殖酸，腐殖酸与土壤中的氮形成腐殖酸铵，可减少氮肥的流失。
5.改善土壤养分，微生物菌剂有效菌能够促进土壤中难溶性养分的溶解和释放，提高土壤养分的供应能力。