从事与本专业相近的企业从事产品研发、实际生产管理、质量管理等方面工作，比如说担任化验工作人员、实验工作人员、研发工程师、技术支持专员等等职位;到相关行业的生物技术企业单位从事有关生物技术产品的销售推广职位，如医疗器械、药品销售等等;从事相关的教育职位或研究所工作;从事企业相关的行政工作。
1.生物发酵与过程工程：利用生物工程原理，包括用常规或重组微生物的发酵或生物转化过程，用游离或固定化酶为生物催化剂的酶反应过程，以制备疫苗、重组蛋白或次级代谢产物等为目的动植物细胞培养过程，海洋动植物养殖与藻类培养过程，人体组织器官体外重建工程等。
主要研究生物工程原理、设备以及生物技术产业化开发技术等。
2.细胞与遗传工程：是细胞生物学与遗传学的交叉领域，主要利用细胞生物学的原理和方法，结合工程学的技术手段，按照人们预先的设计，有计划地改变或创造细胞遗传性的技术。
包括体外大量培养和繁殖细胞，或获得细胞产品、或利用细胞体本身。
主要内容包括：细胞融合、细胞生物反应器、染色体转移、细胞器移植、基因转移、细胞及组织培养。
3.生物材料与组织工程：是组织再生的支架与模板，聚合物材料在组织中具有诱导组织再生、调节细胞生长和功能分化的的材料。
4.环境与生态工程：是一个崭新的专业，是在环境工程以及生态工程的基础上，通过不断与其他学科交叉而诞生的专业，是用生态学的原理、工程学手段来防治污染、保护环境的一门技术科学。
5.食品安全工程：是以食品科学和工程科学为基础，研究食品的营养健康、工艺设计与社会生产，食品的加工贮藏与食品安全卫生的学科，是生命科学与工程科学的重要组成部分，是连接食品科学与工业工程的重要桥梁。
我国生物工程专业专门培养掌握生物化学技术及其产业化的科学原理，掌握现代生物学、生化反应工程、酶工程、基因工程、发酵工程等生物工程技术，具有研究和开发生物化工产品、生物保健品、生物药品的能力，能够在生物技术与工程领域从事设计、生产、管理和新技术、新产品研制开发等工作的高级科技人才；生物工程属于工科，是由微生物学、化学、生物化学、化学工程和计算机科学等相互交叉发展而成的一门复合性学科，被视为21世纪三大前沿学科之一，是生命科学通向应用领域的桥梁学科。
即生物工程是对生物进行创造和设计，对生命有机体按照预先设计的蓝图，在分子、细胞、组织和个体等不同层次上进行新的构思，然后结合工程学科的知识用它们大规模的生产出各种对人类有益的生物产品，在医药，农业，环境，能源，采矿等方面，特别是在人体生命科学方面，有非常突出的作用。