扶余县的高中较多，具体有：扶余县第一中学，现为吉林省重点高中、松原市示范性高中，2006暑期始与清华附中结为友好学校。

学校于1952年建校，原名扶余县第二中学，文化大革命中，更名为三岔河第一中学，1983年初，学校成为独立高中。

扶余县第三中学，其坐落在扶余县城区的西南郊，是一所普通高中。

自1972年建校以来，经过历任校领导和几代三中人的不懈奋斗，学校发生巨大变化，如今以学校规模大，办学条件好，投资环境美，师资队伍优教学质量高走在全市同类学校前列。

扶余县林子镇中学，其位于扶余县大林子镇街基村，附近标志性建筑有百合饭包、张亮麻辣烫、大林子镇中心小学、扶余县大林子乡中学等;，此学校具有较为优良的学风，历年都为国家培养了众多人才。