合工大的自考本科专业有：
1.计算机及应用专业：本专业培养适应计算机技术在企事业单位中发展、应用的需要，具有扎实的计算机基础知识、计算机专业知识和较强的计算机办公自动化、数据库等常用软件应用能力、计算机网络基本应用能力，能够在企事业单位相关部门从事计算机办公自动化和计算机软件应用等计算机相关应用工作的实用型人才。
2.建筑工程专业：建筑工程专业主要负责土木工程专业建筑工程方向的教学与管理，主要培养适应社会主义现代化建设需要，掌握土木工程学科的基本理论和基本知识，获得工程师基本训练并具有创新精神的高级专门人才。
3.软件工程专业：软件工程是一门研究用工程化方法构建和维护有效、实用和高质量的软件的学科，该专业以计算机科学与技术学科为基础，培养能够从事软件开发、测试、维护和软件项目管理的高级专门人才。
合肥工业大学自动化系开设“自动化”本科专业，“控制理论与控制工程”和“检测技术与自动化装置”两个研究生专业；合肥工业大学自动化系，50年来已毕业本科生和研究生突破5000名，毕业后反映良好。
现在年均招收本科生200名，研究生60名；合肥工业大学自动化学科的特色之一是具有深厚的电气工程背景，尤其在运动控制系统的研究上根基深厚，并在此基础上支持了博士专业“电力电子与电力传动”的建设；1988年本系的前身“工业自动化”专业被原机械工业部列为部重点学科专业。
合肥工业大学自动化系在国内自动化教育界具有较高声誉和一定地位。
1978年起，始终为中国电工技术学会高校工业自动化教育专业委员会的主任单位。
成功地主持承办了1996和2001年全国自动化教育学术年会。
原因
1.与计算机专业的相比，软件工程专业的课时费比其他专业更高，这是为了吸引有能力的老师来软件学院讲课；
2.提供了比计算机专业更好的实践环境。
软件工程专业实践课程非常多，并且在一定时候需要我们到公司或外边的专业计算机培训机构进行实训；
3.软件工程专业就是为了缓解软件行业的人才缺失问题，专注于培养实践能力强的学生，所以学费会比较贵。