工程付款方式有三种是总价合同，单价合同，成本加酬金合同。
1.总价合同方式：是指根据合同规定的工程施工内容和有关条件，业主应付给承包商的款额是一个规定的金额，即明确的总价，总价合同也称作总价包干合同，即根据施工招标时的要求和条件，当施工内容和有关条件不发生变化时，业主付给承包商的价款总额就不发生变化。
2.单价合同方式：单价合同是承包人在投标时，按招投标文件就分部分项工程所列出的工程量表确定各分部分项工程费用的合同类型，这类合同的适用范围比较宽，其风险可以得到合理的分摊，并且能鼓励承包商通过提高工效等手段节约成本，提高利润。
3.成本加酬金合同方式：是由业主向承包人支付工程项目的实际成本，并按事先约定的某一种方式支付酬金的合同类型，即工程最终合同价格按承包商的实际成本加一定比例的酬金计算，而在合同签订时不能确定一个具体的合同价格，只能确定酬金的比例。
一项建筑工程从开始到结束的工作流程主要有下列流程：设计单位设计出图纸后，要拿去审批，审批合格后去所在地建委会备案，办理施工许可证；组织招标，中标单位在接到正式的"中标通知书"后，即应在规定的时间内与工程业主签订工程承包合同。
确立施工单位及监理单位之后，就进入施工阶段的工作。
主体结构施工，主体结构分部验收。
建筑装饰装修，包括：水暖系统、电气系统、通风与空调、消防报警系统安装与调试。
工程全部完工后，甲方要进行工程验收，如果验收合格，甲方在验收单上签字，办理结算手续。
甲方备案，然后建筑物即可投入使用。
1、按月结算。
即实行旬末预支或月中预支，月终按工程师确认的当月完成的有效工程量进行结算，竣工后办理竣工结算。
2、分段结算。
即双方约定按单项工程或单位工程形象进度，划分不同阶段进行结算。
如对一般工业民用建筑可以划分为基础、结构、装饰、设备安装几个阶段。
每阶段工程完工后，进行结算。
高层建筑也可以把每完成一层作为一个结算段。
公路工程也可以分为基础层和面层两个结算段等。
3、竣工后一次结算。
建设项目较少，工期较短的工程，可以实行在施工过程中分几次预支，竣工后一次结算的方法。
4、双方约定的其他结算方式。