1.每年6月的第一周：各学院向学校教务处提出可接收学生专业和拟接收人数，接收条件及建议考试科目等，由学校教务处向全校符合转专业条件的学生公布；
2.每年6月的第二周：申请转专业的学生自愿报名，填写审批表，按照自己意愿只能选择两个拟转入专业，作为第一志愿和第二志愿，交转出学院审批，批准后将审批表交教务处教务科；
3.每年6月的第三周：学校按学部共同课程安排转专业考试，公布考试成绩，相关学部组织召开相关学科的教授会议，对成绩符合转专业条件的学生进行面试并打分，在合格人选中择优选择，按接收能力的上限比例推荐给相关学院；
4.每年6月的第四周：相关学院按照应接收人数和学部教授会议推荐意见确定录取人选，教务处将初步意见向学生公布；
5.每年7月的第一周：学校对被确定录取的学生进行一次性审批。
《南京农业大学本科生学分制学籍管理规定》中规定学生有下列情况之一的，可申请转专业：
1.学生确有专长，转专业更能发挥其专长的；
2.学生入学后发现有某种疾病或生理缺陷，经学校指定的医院检查确认不能在原专业继续学习的；
3.经学校认定，学生确有某种特殊困难，不转专业无法继续学习的；
4.因学校专业调整或停办，使得保留入学资格、休学的学生复学时，不能继续在原专业学习的。
南京农业大学在校本科生在完成大学一年级课程，进入二年级之前，符合以下条件之一者，即可申请转专业：
1.在某一学科方面确有特长的学生；
2.因为身体健康原因，经学校指定的医疗单位检查证明不能在原专业学、但尚能在本校其他专业学习者；
3.通过转专业能有利于学生自主学习成材，且参加学校的选拔，选拔合格者。
转专业申请时间和申办程序：
1.学生转专业每学年集中审批一次，申请时间在每学年第二学期的最后两周；
2.教务处于每学年第二学期末，根据转入专业的办学条件，分文、理科向全校公布转入专业的接受名额；
3.学生本人向所在学院提出申请并填写《转专业申请表》，由学院审核同意后统一报教务处。