次生代谢产物的化学结构差异很大，通常归为萜类化合物、酚类化合物、含氮化合物和其他次生代谢产物四大类。
1.萜类化合物是由异戊二烯单元组成的化合物，通过异戊二烯途径，由2个、3个或4个异戊二烯单元分别组成产生的单萜、倍半萜和二萜称为低等萜类；
2.广义的酚类分为黄酮类、简单酚类和黄酮类。
黄酮类是以一大类苯色同环为基础，具有C3、C6、CH6结构的酚类化合物，其生物合成的前体是苯丙氨酸和乌龙基辅酶A ；
3.含氮有机化合物中最大的一类次生代谢物质是生物碱, 是一类含氮的碱性天然产物, 已知的达5500种以上。
按其生源途径可分为真生物碱、伪生物碱和原生物碱；
4.除了上述的主要三大类外, 植物还产生多炔类、有机酸等次生代谢物质多炔类是植物体内发现的天然炔类有机酸广泛地分布于植物各个部位。
植物次生代谢产物可分为苯丙素类、醌类、黄酮类、单宁类、萜类、甾体及其甙、生物碱七大类。
不同的产物有不同的作用。
植物次生代谢产物是植物对环境的一种适应，是在长期进化过程中植物与生物和非生物因素相互作用的结果。
在对环境胁迫的适应、植物与植物之间的相互竞争和协同进化、植物对昆虫的危害、草食性动物的采食及病原微生物的侵袭等过程的防御中起着重要作用。
次生代谢产物是由次生代谢产生的一类细胞生命活动或植物生长发育正常运行的非必需的小分子有机化合物，其产生和分布通常有种属、器官、组织以及生长发育时期的特异性。
植物次生代谢产物是植物对环境的一种适应，是在长期进化过程中植物与生物和非生物因素相互作用的结果。
在对环境胁迫的适应、植物与植物之间的相互竞争和协同进化、植物对昆虫的危害、草食性动物的采食及病原微生物的侵袭等过程的防御中起着重要作用。