1.从高校排名来看，显然重庆大学作为211高校排名高于武汉理工；
2.从专业设置来看，重庆大学是综合类大学，理工为强项，尤其是建筑类、机械类都是非常好的专业。
而武汉理工更侧重理工类学校;
3.从高校所处的地区来看，重庆是直辖市，而武汉是省会城市，级别不同。
当然，建议根据要选择的专业和城市的产业分布再来看下，针对专业和就业而定。
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专业硕士是中国研究生教育的一种形式，根据国务院学位委员会的定位，专业学位为具有职业背景的学位，培养特定职业高层次专门人才。
目前中国经批准设置的专业硕士已达15类，专业硕士教育的学习方式比较灵活，大致可分为在职攻读和全日制学习两类。
武汉理工大学，简称武理工，学校前身溯源于1898年清朝末期湖广总督张之洞奏请清政府创办的湖北工艺学堂。
2000年由分属教育部、交通部、中国汽车工业总公司的原武汉工业大学、武汉交通科技大学、武汉汽车工业大学三校合并成立。
武汉理工大学是中华人民共和国教育部直属的理工类全国重点大学，由国家教育部、交通运输部、国家海洋局、国家国防科技工业局共建，是国家首批211工程、985工程优势学科创新平台重点建设高校，国家首批双一流世界一流学科建设高校，是111计划、卓越工程师教育培养计划、海外高层次人才引进计划、国家建设高水平大学公派研究生项目等重点建设的中国高水平研究型大学。
2018年8月，2018软科世界大学学术排名发布，武汉理工大学排名第301位。