会产生氨气等有毒气体。

未腐熟有机肥施入土壤后对农作物危害很大。

一方面因为有机肥在发酵腐熟过程中微生物的旺盛繁殖与蔬菜根系争水、争肥，造成蔬菜因吸收水分和养分困难而影响生育。

另一方面由于有机质发酵腐熟过程中分解出有机酸、热和局部高浓度的铵盐，使蔬菜根系经不住高酸、高温和高盐浓度的伤害，发生烧根，造成植株失水萎蔫。

同时，有些未充分腐熟有机肥如生鸡粪在发酵腐熟过程中会释放出一些有毒气体如氨气，使秧苗遭受有毒、有害气体危害。

三是含有大量病菌、虫卵，作物易受病虫危害，有机肥发酵腐熟过程使用最多就是微立旺生物发酵微肽。