1.虽然基因工程和细胞工程都属于现代生物工程的范畴，但是两者所研究，实验，改造，针对的对象不同。
2.基因工程是通过改造基因或基因组而改变生物的遗传特性，而细胞工程是通过细胞融合，核移植，细胞器移植或染色体操作，产生杂种细胞并发育成个体的技术。
基因工程指用体外重组DNA技术去获得新的重组基因，或按照人们意愿设计，改变生物的遗传特性。
如用重组DNA技术，将外源基因转入大肠杆菌中表达，使大肠杆菌能够生产人所需要的产品。
细胞工程是指应用细胞生物学和分子生物学的方法，通过类似于工程学的步骤在细胞整体水平或细胞器水平上，遵循细胞的遗传和生理活动规律，有目的地制造细胞产品的一门生物技术。
1.可能诱发食物链的破坏完整的食物链 ;
2.可能引发基因污染。
二、基因工程对人体健康的威胁：
1.免疫力问题，转基因生物及其产品有可能降低动物乃至人类的免疫能力，从而对动物及人类的健康安全甚至生存能力产生影响;
2.抗药性问题，转基因过程中，为了检测转基因试验是否成功经常将特定抗生素抗性基因作为标记基因，食用含有这种标记基因的食物后，其抗性基因有一定概率转移到细菌中，使细菌产生抗抗药性。
1.基因工程。
基因工程，又称基因操作，DNA重组技术，基因克隆，分子克隆等。
克隆就是来自同一祖先的相同副本或拷贝的集合，而获得同一拷贝的过程则称为克隆化，也就是无性繁殖。
2.蛋白质工程。
蛋白质工程是研究蛋白质的结构及结构与功能的关系，然后人为地设计一个新蛋白质，并按这个设计的蛋白质结构去改变其基因结构，从而产生新的蛋白质。
3.蛋白质工程和基因工程的关系。
蛋白质工程是在基因工程的基础上发展起来的，在技术方面有许多同基因工程技术相似的地方，因此人们也把蛋白质工程称为第二代基因工程。
4.区别。
蛋白质工程就是根据蛋白质的精细结构与功能之间的关系，利用基因工程的手段，按照人类自身的需要，定向地改造天然的蛋白质，甚至创造新的、自然界本不存在的、具有优良特性的蛋白质分子。
基因工程是通过基因操作把外源基因转入适当的生物体内，并在其中进行表达，它的产品还是该基因编码的天然存在的蛋白质。