南京港目前最大吨位的船舶为30万吨级。南京港拥有10万吨级以上泊位12个，其中包括能够停靠30万吨级船舶的泊位2个。这些泊位主要分布在南京港的集装箱码头、散货码头和石油码头。南京港的30万吨级泊位建成后，大大提高了南京港的吞吐能力，为南京港的进一步发展提供了有利条件。
南京港的吃水深度因港口不同而异。其中，位于长江岸边、紧邻中华门、贾汪区油墩湾一带的南京港码头，满足14.2万吨中型集装箱船进出口的需要，深水泊位最深处可达14.2米。
而位于草场门滩、秦淮河畔的南京港码头，则满足2万吨以下的小型船只进出口，深水泊位深度在5-8米左右。总的来说，南京港的吃水深度能够满足大部分船只的需求，也为南京市的进出口贸易提供了便利。
南京港集团的员工人数为5080人。
南京港股份有限公司是以南京港务管理局作为主发起人联合南京长江油运公司、中国外运江苏公司、中石化九江石化总厂、中石化武汉石化厂、中国南京外轮代理公司共同发起设立的现代港口企业。是我国内河最大的石油、液体化工产品中转储存的港口运输企业。